熒光定量PCR(Quantitative Real-time PCR,qPCR)是在常規PCR基礎上發展起來的一種核酸定量技術。其核心原理基于熒光信號與PCR擴增產物量之間的對應關系,通過在PCR反應體系中加入熒光基團或熒光標記物,實時監測反應過程中熒光強度的變化,從而對起始模板核酸的量進行定量分析。
(一)熒光標記方式
1.TaqMan探針法
-TaqMan探針是一種寡核苷酸探針,其5'端標記有熒光報告基團(如FAM),3'端標記有熒光淬滅基團(如TAMRA)。在未進行PCR擴增時,由于探針的完整性,熒光報告基團與淬滅基團空間位置接近,發生熒光共振能量轉移(FRET),熒光報告基團被淬滅,此時檢測不到熒光信號。
-當進行PCR擴增時,Taq酶的5' -3'外切酶活性將探針降解,使得熒光報告基團與淬滅基團分離,熒光報告基團被激發后發出熒光,其熒光強度與擴增產物的數量成正比。隨著PCR循環數的增加,擴增產物不斷積累,熒光信號不斷增強,通過檢測熒光強度即可對模板核酸進行定量。
2.SYBR Green I染料法
-SYBR Green I是一種能夠與雙鏈DNA小溝結合的熒光染料。在PCR反應的變性階段,SYBR Green I游離于溶液中,此時熒光信號較弱。
-在退火和延伸階段,隨著雙鏈DNA的形成,SYBR Green I與雙鏈DNA結合,其熒光強度會顯著增強。由于熒光信號強度與雙鏈DNA的含量相關,而雙鏈DNA的含量又與PCR擴增產物的數量成正比,因此可以通過檢測SYBR Green I的熒光強度來監測PCR擴增過程并進行定量分析。不過,SYBR Green I與非特異性雙鏈DNA(如引物二聚體)結合也會產生熒光,所以需要通過熔解曲線分析來區分特異性擴增產物和非特異性產物。
(二)熒光定量PCR的原理
在PCR反應的指數增長期,擴增產物的量與起始模板核酸的量存在確定的數學關系。通過對熒光信號的實時監測,可以得到擴增產物的熒光強度隨循環數變化的曲線。根據已知濃度的標準品制作標準曲線,將待測樣品的熒光信號與標準曲線進行比較,就可以計算出待測樣品中起始模板核酸的拷貝數或濃度,從而實現對核酸的準確定量。