通常在小型生物顯微鏡在使用過程中并不存在安裝和調試的問題，只要是出廠檢驗合格者都可投入使用。但在現代光學儀器本身的性能已越來越，且結構越來越復雜，備件也越來越多。因此從采購訂貨到投入使用，這中間開始產生出許多技術問題。像研究級的顯微鏡在使用過程中，需根據不同目的，來隨時調換各種部件，且需要隨時調試其性能來得到*效果。這就進一步要求使用者具備基本的光學、機械學和電子控制的知識以及顯微鏡技術包括染色技術的基礎知識。下面我們就來說一說一些基礎的知識。

    首先來說說顯微鏡的工作環境。現代大型光學顯微鏡可以說都是采用的質地優良的光學器材、精密的機械裝置及靈敏的電子控制儀器組裝起來的設備，也因此顯微鏡在運輸、安裝、使用過程中，都需要學會防止損壞昂貴的光學具組和精密的機械結構以及干撓電子控制功能等。它的工作環境就必須符合以下這些要求。
當實驗室擁有較多的大型且貴重的顯微鏡時，可集中于一套專設顯微鏡室。另外的日常個人使用的小型顯微鏡則可分散于個人工作室中。同時，光學顯微鏡室也不能像電子顯微鏡室那樣，要求擁有高標準的防震、防潮及防塵設施。可以說，防潮措施對顯微鏡的光具組具有zui為重要的意義。在潮濕環境中，光學玻璃表面可以生長霉菌，而且它所分泌的鹽酸之類腐蝕性物質會對光具組具造成嚴重損害。所以，我們要注意注意，不常用的備用物鏡、目鏡、投影器具、聚光鏡、棱鏡等光具必須一律放入玻璃干燥器中保存，并且應在干燥器中放入足量的吸潮劑。此外，顯微鏡室的地面不應蒸發水蒸氣，墻壁可涂沫油漆來防止掉落粉塵。同時在這種房間中，更應有足量的吸潮物質。另外，顯微鏡室的地面也適宜采用當地出產的木紋石研磨板。建議顯微鏡室的地面可覆蓋地毯，在安裝調試及更換附件過程中難免產生脫手掉落貴重部件的情況，覆蓋地毯后，可更好地避免類似于這樣的損失。
同時，顯微鏡室防塵的重要性也是不可忽視的。塵埃中可能含有帶電粒子，如通遼地區遼河流域的黃塵，使得夜間行人衣物相磨擦后，引起頻發火花。類似于這種塵埃進入電子顯微鏡的電子槍中可能引起高壓電短路等嚴重的后果。此外，粉塵也足以造成成像光路的像散、畸變等情況產生，灰塵過多也會形成傅里耶頻譜變換效應。所以說防塵措施也絕非易事。在一般條件下，顯微鏡室的窗戶是要嚴密緊封的，人員出入也應該采用推拉屏風式為好，通常帶折葉的門也是揚起粉塵飛舞的重要原因。且當有人用力關門時，使整個房間的空氣壓縮，再用力拉門時，從窗縫會吸入粉塵。但同時，也應注意經常通風，否則易產生霉菌。
    此外，在儀器附有精密電子計算機之類靈敏設備時，顯微鏡室內需要有空調機保持溫度的恒定。同時溫度劇變對于光學器具、電子設備及精密機件都會產生不利的影響。
    更重要的是顯微鏡的安放位置應避免受陽光直接照射，同時也應距離墻壁稍有間隔的角落，且應將附有靈敏電子裝置的顯微鏡安放于避開交流干撓的位置，此外，帶有靈敏的光電感應設備的儀器注意防止自然光的干撓，熒光顯微鏡、暗視野觀察、偏振光觀察及位相差觀察都得盡量避免非相關光線的撓射。
    zui后應注意，顯微鏡室之類的精密儀器室應與放置硫酸、鹽酸、硝酸、洗液等強力揮發腐蝕物的房間相隔開，且不要有任何通道，以免造成對一起的任何損害。